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Um mapa de tipo de célula única de tecidos humanos
Um atlas de acesso aberto foi lançado com mais de 250.000 gráficos interativos para permitir aos pesquisadores explorar a expressão em tipos de células individuais individuais para todos os genes que codificam proteínas nesses tecidos.
Por Uppsala University - 31/07/2021


A relação entre alguns dos principais tipos de células humanas analisadas na publicação de Karlsson et al (2021). Crédito: Human Protein Atlas

Em um estudo publicado na revista americana Science Advances , um mapa de tipo de célula única de tecidos humanos é apresentado. Um atlas de acesso aberto foi lançado com mais de 250.000 gráficos interativos para permitir aos pesquisadores explorar a expressão em tipos de células individuais individuais para todos os genes que codificam proteínas nesses tecidos.

O novo portal de conhecimento foi criado como parte do programa Human Protein Atlas baseado na Suécia (www.proteinatlas.org) combinando dados de células individuais com perfis baseados em anticorpos para permitir um mapa holístico de células, tecidos e órgãos do proteínas em todo o corpo humano para atuar como uma base para pesquisas em biologia e doenças humanas.

As melhorias dramáticas no sequenciamento paralelo maciço, juntamente com preparações de amostras de células únicas e deconvolução de dados, permitiram que o sequenciamento de RNA de uma única célula se tornasse uma abordagem poderosa para caracterizar células individuais . No artigo de Karlsson et al, a análise de célula única usando tanto o sequenciamento de RNA quanto o perfil baseado em anticorpos foram combinados para criar um mapa disponível publicamente de 192 tipos de células humanas.

Tipos de células que compartilham funções semelhantes

A análise destaca grupos de expressão distintos correspondentes a tipos de células que compartilham funções semelhantes, tanto dentro dos mesmos órgãos quanto entre órgãos. Uma classificação para mapear o perfil de expressão gênica de todos os genes codificadores de proteínas nos diferentes tipos de células foi realizada para determinar o número de genes elevados em determinados tipos de células individuais e, portanto, mostrando alta ou baixa especificidade de tipo de célula. Em todos os tipos de células analisados, quase 14.000 genes mostraram uma expressão elevada em determinados tipos de células, dos quais aproximadamente 2.000 genes foram considerados específicos para apenas um dos tipos de células.

Os tipos de células nos testículos mostraram o maior número de genes elevados de tipos de células, seguidos por células ciliadas. Curiosamente, apenas 11% dos genes foram detectados em todos os tipos de células analisados, sugerindo que o número de genes essenciais ('manutenção') é surpreendentemente pequeno.

"O artigo descreve uma adição importante ao Atlas de Proteína Humana, que se tornou um dos bancos de dados biológicos mais visitados do mundo, abrigando milhões de páginas da web com informações sobre todos os genes codificadores de proteínas humanas", disse Mathias Uhlén, Diretor do Human Consórcio Protein Atlas.

"Estamos entusiasmados com o fato de que a nova seção de tipo de célula única de acesso aberto constitui um recurso exclusivo para estudar a especificidade do tipo de célula e a localização espacial exata de todas as nossas proteínas", disse a Dra. Cecilia Lindskog, chefe do grupo HPA Tissue Profiling.

 

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