Estudos comparando genomas de animais geralmente se concentram na própria sequaªncia de DNA. Um novo estudo realizado por pesquisadores da Universidade da Califa³rnia, Davis, mostra como o andaime tridimensional dos cromossomos estãorelacionado em várias espanãcies de carna­voros, oferecendo uma nova abordagem de "scaffotyping comparativo" que pode ser usada para identificar genes relacionados entre espanãcies e lugares. -los no contexto. O trabalho, publicado na semana de 21 de fevereiro na revista Proceedings of the National Academy of Sciences , também mostra o poder de grandes coleções de genomas como o Vertebrate Genomes Project e Earth BioGenoma Project.

Os pesquisadores Marco Corbo, Joanna Damas e o professor Harris Lewin do UC Davis Genome Center and Department of Evolution and Ecology, com Madeline Bursell da Brigham Young University e do Smithsonian Institution, usaram uma técnica chamada Hi-C ou sequenciamento de captura de conformação de cromatina para identificar a forma tridimensional de áreas de cromossomos em 11 espanãcies de carna­voros de três fama­lias. Eles eram: leopardo nublado, leopardo, tigre, guepardo e puma; dingo, ca£o selvagem africano e raposa vermelha; urso preto, urso polar e urso pardo. A pesquisa baseou-se em dados do Vertebrate Genomes Project, afiliado ao Earth BioGenoma Project.

Os cromossomos são compostos de cromatina, que inclui protea­nas e DNA. A estrutura da cromatina éorganizada em vários na­veis: o pra³prio DNA pode formar ala§as; estes podem ser organizados em doma­nios topola³gicos associados; esses doma­nios formam compartimentos; e finalmente os compartimentos formam territa³rios dentro do cromossomo.

Esta análise Hi-C analisou os arranjos noníveldo compartimento cromossa´mico. Ele mostra quais genes estãofisicamente pra³ximos uns dos outros no espaço tridimensional no núcleo da canãlula. Estar fisicamente perto pode afetar a forma como os genes são ativados ou desativados, mesmo que estejam relativamente distantes em termos de sequaªncia de DNA.

A equipe descobriu que para genes que são orta³logos, ou relacionados por descendaªncia, as estruturas de cromatina 3D foram altamente conservadas dentro e entre as três fama­lias de carna­voros, apesar de 50 milhões de anos de evolução e rearranjos cromossa´micos. Isso sugere que esses genes estãocodificando importantes funções do genoma.

Os autores chamam essa abordagem de comparação de estruturas tridimensionais em cromossomos "Scaffotyping Comparativo". A abordagem pode facilitar a identificação de genes relacionados entre grupos de animais e plantas e coloca¡-los em seu contexto correto.

Lana§ado em novembro de 2018, o objetivo do Earth BioGenoma Project éfornecer um cata¡logo completo de sequaªncias de DNA de todas as 1,8 milha£o de espanãcies nomeadas de plantas, animais e fungos, bem como eucariotos unicelulares. O objetivo do Projeto Genomas de Vertebrados égerar conjuntos gena´micos de referaªncia quase livres de erros de todas as 66.000 espanãcies de vertebrados existentes, o que permitira¡ o estudo de como os genes contribua­ram para a evolução e sobrevivaªncia dessas espanãcies .