Os pesquisadores costumavam pensar que o HIV e seus parentes eram coisas bastante recentes, talvez com apenas algumas centenas de anos. Mas um crescente conjunto de evidências agora sugere que sua história é muito mais antiga, com vírus intimamente relacionados ao HIV circulando em primatas por dezenas ou centenas de milhares de anos, e as próprias raízes de sua árvore genealógica talvez remontando a milhões de anos.

Essa compreensão mais profunda vem de uma nova pesquisa que reexamina o "relógio molecular" usado para datar vírus. Ela revela que esse relógio viral não funciona a uma taxa constante; em vez disso, as mudanças genéticas se acumulam rapidamente em curtos períodos, mas parecem desacelerar significativamente ao longo de milênios. Consequentemente, os relógios genéticos tradicionais podem subestimar drasticamente a verdadeira idade de linhagens virais antigas.

Em um estudo publicado nos Anais da Sociedade Real B: Ciências Biológicas , um modelo de relógio dependente do tempo, conhecido como modelo "Prisioneiro de Guerra", foi usado para analisar 436 sequências de HIV, SIV (vírus da imunodeficiência símia) e vírus relacionados. Essa análise indica que os ancestrais do HIV-1 e do HIV-2 estão presentes em primatas há pelo menos dezenas a centenas de milênios, uma descoberta surpreendente que diverge das suposições anteriores sobre sua idade.

A evidência dessa cronologia reside na existência de vírus no genoma de alguns animais que jamais imaginaríamos serem possíveis. Primatas possuem fragmentos do que é conhecido como lentivírus (família do HIV) em seu DNA, comprovando, assim, infecções ocorridas há milhões de anos. Por exemplo, lêmures em Madagascar possuem um inserto de lentivírus endógeno com aproximadamente 4,2 milhões de anos, o que demonstra que primatas já combatiam vírus semelhantes ao HIV muito antes da nossa época. Na África, contudo, outra evidência pode ser encontrada na Ilha de Bioko.

A ilha separou-se do continente há aproximadamente 10.000 anos, isolando a população de macacos que ali vivia. Descobriu-se que existem diferentes cepas do vírus da influenza suína (SIV), tão distintas que os modelos de sua separação indicam que a idade do SIV deve ser de pelo menos 32.000 a 75.000 anos (e provavelmente até mais).

Uma linha do tempo compara o recente surgimento do HIV em humanos com a história evolutiva muito mais antiga de seus parentes primatas, mostrando como as linhagens do SIV podem ter circulado por dezenas de milhares a milhões de anos antes de darem origem aos vírus responsáveis pela pandemia moderna de HIV. Crédito: Gerado por IA para fins ilustrativos.

Essas pistas indicam uma coisa: ao longo de um milhão de anos, o DNA do vírus sofreu tão pouca deriva genética que os relógios de curto prazo não conseguem captar toda a história.

A taxa de decaimento dependente do tempo, em que as substituições se acumulam mais lentamente ao longo de períodos mais longos, parece estar em ação. Em termos práticos, isso significa que os pesquisadores precisam recalibrar seus relógios.

O novo modelo faz exatamente isso, alinhando genomas virais com uma linha do tempo que abrange eventos recentes (HIV), intermediários (Bioko SIV) e antigos (lentivírus de lêmure). Ao fazer isso, o estudo reconcilia evidências genéticas com paleovirologia e biogeografia, produzindo datas consistentes nessas escalas de tempo.

A aplicação desse modelo revela dados surpreendentes. O ancestral comum mais recente de todas as cepas africanas conhecidas do vírus da influenza suína (SIV) data de cerca de 1 milhão de anos atrás (anteriormente, acreditava-se que fosse muito mais recente). A linhagem do SIV de chimpanzés que eventualmente deu origem ao HIV-1 parece ter circulado por dezenas de milhares a algumas centenas de milhares de anos entre os chimpanzés.

O vírus da imunodeficiência símia (SIV) do mangabei-de-cauda-preta, que deu origem ao HIV-2, é mais recente (tem apenas milhares de anos), mas ainda assim é muito mais antigo do que os modelos simples previam. E há ainda o ramo mais remoto: a separação entre os SIVs africanos e as linhagens do vírus dos lêmures data de 17 a 51 milhões de anos atrás.

Essa lacuna surpreendente sugere um salto interespecífico ancestral — talvez uma jangada de mamíferos à deriva ou um mosquito carregando um lentivírus para Madagascar em um passado remoto — em vez de um vírus permanecendo em uma única linhagem ao longo da evolução dos primatas.

Esses períodos são incrivelmente longos em comparação com a pandemia de HIV do século XX. Eles sugerem que vírus semelhantes ao HIV estavam presentes em populações de primatas durante o Pleistoceno e além. Por que os humanos não vivenciaram epidemias até agora?

O estudo observa que mudanças drásticas na sociedade humana — como o crescimento populacional, as viagens e a urbanização — provavelmente forneceram a "faísca" que permitiu que um SIV anteriormente benigno saltasse e se espalhasse entre as pessoas. Isso indica que os humanos podem ter compartilhado o espaço com os ancestrais do HIV por eras sem que houvesse uma doença epidêmica.

Conhecer a história detalhada de um vírus pode nos ajudar a avaliar riscos e compreender a imunidade. Mapear essas longas linhas do tempo pode revelar quais características permitem que um vírus salte entre espécies ou se espalhe eficientemente entre humanos. Também pode mostrar por que muitos primatas toleram infecções por SIV.

Ao contrário dos humanos, a maioria dos macacos africanos infectados com suas próprias cepas de SIV nunca desenvolve AIDS — um produto de sua longa coevolução. Estudar essa resistência natural pode inspirar novos tratamentos ou vacinas para o HIV. Este novo trabalho é uma espécie de busca por fósseis no código genético, lembrando-nos de que os vírus que causam pandemias modernas muitas vezes têm linhagens ancestrais.

Como alertam os autores, no entanto, essas datas devem ser interpretadas como janelas temporais baseadas em modelos, e não como marcos temporais precisos. Nas palavras deles, "Nossas estimativas devem ser interpretadas como reconstruções de escalas de tempo baseadas em modelos, sob suposições explícitas". Ainda assim, ao retroceder no tempo, o estudo nos leva a uma jornada através do tempo profundo — uma jornada que pode, em última análise, explicar como um vírus primata silencioso se tornou uma ameaça global.