Pesquisadores realizar detalhadas simulaa§aµes de computador de dina¢mica molecular do complexo de carregamento de peptadeos e, assim, estudar não apenas a estrutura, mas também a dina¢mica da nanoma¡quina biológica.

Domanio paºblico
As células que são infectadas por um varus ou carregam uma mutação canceragena, por exemplo, produzem proteanas estranhas ao corpo. Os peptadeos antigaªnicos resultantes da degradação dessas proteanas exa³genas dentro da canãlula são carregados pelo complexo de carregamento de peptadeos nas chamadas moléculas do complexo de histocompatibilidade principal (MHC para abreviar) e apresentados nasuperfÍcie da canãlula. La¡, eles são especificamente identificados por células T-killer, o que acaba levando a eliminação das células infectadas. a‰ assim que nosso sistema imunológico nos defende contra patógenos.
Ma¡quina opera com precisão atômica
O complexo de carregamento de peptadeo garante que as moléculas de MHC sejam carregadas corretamente com antagenos. "O complexo de carregamento de peptadeos éuma nanoma¡quina biológica que tem que trabalhar com precisão atômica para nos proteger com eficiência contra patógenos que causam doena§as", disse o professor Lars Scha¤fer, chefe do grupo de pesquisa de Simulação Molecular do Centro de Química Tea³rica do RUB .
Em estudos anteriores, outras equipes determinaram com sucesso a estrutura do complexo de carregamento de peptadeo usando microscopia crioeletra´nica , mas apenas com uma resolução de cerca de 0,6 a 1,0 nana´metro, ou seja, não em detalhes ata´micos. Com base nesses dados experimentais , a equipe de pesquisa de Scha¤fer, em colaboração com o professor Gunnar Schra¶der de Forschungszentrum Ja¼lich, agora conseguiu criar uma estrutura atômica do complexo de carregamento de peptadeo.
Explorando estrutura e dina¢mica
“A estrutura experimental éimpressionante. Mas somente com nossos manãtodos baseados em computador fomos capazes de extrair o ma¡ximo de conteaºdo de informação contido nos dados experimentaisâ€, explica Schra¶der. O modelo ata´mico permitiu aos pesquisadores realizar detalhadas simulações de computador de dina¢mica molecular do complexo de carregamento de peptadeos e, assim, estudar não apenas a estrutura, mas também a dina¢mica da nanoma¡quina biológica.
Como o sistema simulado éextremamente grande, com 1,6 milha£o de a¡tomos, o tempo de computação no Leibnitz Supercomputing Center em Munique ajudou consideravelmente nessa tarefa. "Usando o computador de alto desempenho, fomos capazes de avana§ar para a escala de tempo de microssegundos em nossas simulações. Isso revelou o papel dos grupos de açúcar ligados a proteana para o mecanismo de carregamento de peptadeo, que anteriormente são tinha sido compreendido de forma incompleta", destaca Dr. Olivier Fisette, pesquisador de pa³s-doutorado no grupo de pesquisa de Simulação Molecular.
Intervenção direta nos processos imunológicos
O modelo ata´mico do complexo de carregamento de peptadeo agora facilita mais estudos. Por exemplo, alguns varus tentam enganar nosso sistema imunológico desligando seletivamente certos elementos do complexo de carregamento de peptadeos. “Um objetivo via¡vel que gostaraamos de perseguir éa intervenção direcionada nesses processosâ€, conclui Scha¤fer.